Gli affreschi della Cappella Maggiore o Tornabuoni furono commissionati, per la somma di 1.100 fiorini d'oro, da Giovanni Tornabuoni, capo del Banco dei Medici a Roma e zio di Lorenzo il Magnifico, "per l'esaltazione della sua casa e della sua famiglia". Ecco infatti comparire fra i protagonisti delle storie sacre dipinte sulle pareti tutti i componenti della famiglia Tornabuoni e molti personaggi imparentati con loro (Pucci, Tornaquinci, Ridolfi, Sassetti...).

Sfilano alcune bionde bellezze fiorentine come Giovanna degli Albizi, Ludovica Tornabuoni Nasi e Ginevra dé Benci (alla quale Lorenzo il Magnifico dedicherà due sonetti) ma anche l'intera famiglia del Ghirlandaio (nell'affresco con Gioacchino espulso dal tempio) e i principali intellettuali dell'epoca. Nell'Apparizione dell'Angelo a Zaccaria notiamo in primo piano a sinistra Marsilio Ficino, Cristoforo Landino, Agnolo Poliziano e Gentile dé Becchi, maestro di Lorenzo il Magnifico (o forse è il Calcondila, che all'epoca insegnava greco all'Università fiorentina). Nella scena della Nascita del Battista si riconosce invece Lucrezia Tornabuoni, sorella del capofamiglia Giovanni e, soprattutto, sposa di Piero dé Medici e madre di Lorenzo il Magnifico.

L'altra sorella Tornabuoni, Dianora, sposa del gonfaloniere Tommaso Soderini, è ritratta invece nella Visitazione. L'identificazione di tutti i protagonisti di questo film pittorico, poco sacro e molto profano, è legata ad un documento del 1561 in cui un curioso personaggio novantenne dichiara di averli conosciuti e traccia uno schizzo in cui le figure sono numerate e identificate. Vera apoteosi del clima aristocratico, mondano e anche un pò vanesio della corte del Magnifico, eseguiti negli stessi anni in cui il Botticelli dipingeva la sua Nascita di Venere, questi affreschi della Basilica saranno severamente criticati e condannati per la loro "mondanità" dal Savonarola pochi anni dopo la loro esecuzione.