Situato nel Palazzo della Crocetta (dalla caratteristica forma a croce) eretto da Giulio Parigi per l'Arciduchessa Maria Maddalena d'Austria (1620) ha il suo ingresso da via della Colonna, vicino a piazza SS.Anunziata, ove si affaccia il giardino con la cancellata: qui sono state ricomposte, con materiali il più possibile originari, alcune tombe etrusche. E' fra i principali musei del mondo per l'arte e la civiltà etrusca e contiene anche molte e belle opere d'arte greche. Al primo piano l'importante Museo Egizio, secondo in Italia dopo quello di Torino, una raccolta che trova origine nelle collezioni Nizzoli e Schiapparelli e nella campagna di scavi condotta nel 1828-29 da Ippolito Rossellini insieme a François Champollion, lo studioso che decifrò i geroglifici. Vittima illustre dell'alluvione del 1966, il museo ha subìto un minuzioso intervento di restauro ed oggi è in grado di riproporre al pubblico i suoi tesori.

La raccolta trae origine dalle collezioni medicee (fin da Cosimo il Vecchio) poi arricchite dai Lorena ed esposte agli Uffizi fino al 1888, quando furono trasferite alla Crocetta. Fra le opere maggiormente note citiamo: la Chimera, capolavoro in bronzo della scultura etrusca (V-IV sec.a.C.) scoperta nel 1553 nelle campagne di Arezzo e restaurata da Benvenuto Cellini; la grande Anfora di Baratti in argento (IV sec.d.C.) decorata con circa 130 immagini di dei e di eroi; l'Arringatore, grande ritratto in bronzo (I sec.a.C) del nobile etrusco Aule Metelle venuto alla luce nel 1566 presso il lago Trasimeno; l'Idolino, raro bronzo greco della seconda metà del V secolo a.C. trovato a Pesaro nel 1530 e ancora dotato del basamento rinascimentale che lo accolse nelle collezioni medicee. Pure greci sono il torso d'Atleta (V sec.a.C.) e la Testa Equina di età ellenistica che ispirò Donatello e Verrocchio nei due celebri monumenti equestri di Padova e Venezia.

Nella vastissima raccolta vascolare il pezzo più illustre è il Vaso François firmato dal vasaio Ergotimos e dal pittore Kleitias e databile al 570 a.C. Fu trovato presso Chiusi nel 1844 e la complessa decorazione "a figure nere" ne fa un vero testo della cultura figurativa e mitologica greca esportata in Etruria. Fra le urne funerarie si ricorda quella, proveniente da Chiusi, della Mater Matuta (V sec.a.C.), dea dell'Aurora, che può quasi considerarsi un archetipo del tema cristiano della Madonna con Bambino; e ancora il Sarcofago di Larthia Seianti (II sec.a.C.), terracotta policroma rinvenuta a Chiusi, il Sarcofago delle Amazzoni (IV sec.a.C.) e quello detto dell'Obeso (Chiusi, II sec.a.C.).