Le musée est situé dans le Palazzo della Crocetta (de par sa forme en croix caractéristique) et fut érigé par Giulio Parigi pour l'Archiduchesse Maria Maddalena d'Austria (1620). Son entrée se fait par la via della Colonna près de la piazza SS.Anunziata et donne sur le jardin entouré d’une grille dans lequel quelques tombes étrusques, faites dans des matériaux les plus originaux possibles, ont été recomposées. C’est l’un des principaux musées du monde pour tout ce qui concerne l’art et la civilisation étrusque, il contient également beaucoup de très belles oeuvres d’art grecques. L’important musée égyptien, le deuxième en Italie après celui de Turin, se situe au premier étage,; il présente une collection qui trouve son origine dans les collections de Nizzoli et Schiapparelli et dans la campagne de fouilles conduite en 1828-29 par Ippolito Rossellini et François Champollion, savant qui déchiffra les hiéroglyphes. Illustre victime de l’inondation de 1966, le musée a subi une minutieuse intervention de restauration et est aujourd’hui en mesure de réexposer ses trésors au public.

La collection tire ses origines des collections médicéennes (à partir de Cosme Le Grand) enrichies ensuite par Lorena et exposées aux Uffizi jusqu’en 1888, date à laquelle on les transféra à la Crocetta. Parmi les oeuvres les plus remarquables, citons: la grande Amphore en argent de Baratti (IVè siècle.), décorée avec environ 130 images de dieux et de héros; l’Arringatore, grand portrait en bronze (Ier siècle av. J.C) du noble Etrusque Aule Metelle découvert en 1566 près du lac Trasimeno; l’Idolino, rare bronze grec de la seconde moitié du Vè siècle, trouvé à Pesaro en 1530 et toujours doté du socle Renaissance qu’on lui ajouta lorsqu’il joignit la collection des Médicis. Le torse d’Athlète (Vè siècle av. J.C) et la tête de cheval d’âge hellénistique qui inspira Donatello et Verrocchio pour les deux célèbres monuments équestres de Padoue et Venise sont de pures oeuvres grecques.

Parmi la très vaste collection de vases, le plus illustre semble être le vase François signé d’Ergotimos et du peintre Kleitias que l’on situe vers 570 av. J.C.. il fut trouvé près de Chiusi en 1844 et sa complexe décoration "à figure noire" en fait un véritable exemple de la culture figurative et mythologique grecque exportée en Etrurie. Parmi les urnes funéraires, citons celle provenant de Chiusi, de la Mater Matuta (Vè siècle a.v. J.C.), déesse de l’Aurore, qui peut être considérée comme un archétype de la Vierge à l’Enfant; notons aussi le Sarcophage de Larthia Seianti (IIè siècle av. J.C), une terre cuite en polychrome découverte à Chiusi, le Sarcophage des Amazones (IVè siècle av. J.C) ainsi que celui dit de l’Obèse (Chiusi, IIè siècle av. J.C).