L’entrée se fait à la droite de l’église. Cosme Le Grand chargea Michelozzo, son fidèle artiste, de restaurer le campanile et le déliquescent monastère de l’ordre monastique Silvestrini aboli depuis peu. Angelico le Bienheureux (Guido or Guidolino di Pietro, Vicchio di Mugello 1387 - Rome 1455), moine du monastère de San Domenico vint y habiter avec ses confrères et travailla de 1438 à 1446 à la décoration, ornant de fresques les célèbres 42 cellules, le cloître, la salle capitulaire et les couloirs de premier étage. Ce fut là que Lorenzo le Magnifique fit venir Savonarola à Florence, lequel sera d’aileurs plus tard son plus grand ennemi, jusqu’à son supplice au bûcher — après la mort de Lorenzo - sur la piazza della Signoria. Bartolomeo della Porta, peintre de la Renaissance et disciple de Savonarola, vint également rejoindre la communauté doménicaine.

Le bâtiment passa aux mains de l’Etat en 1860 et fut ouvert au public en 1869. Après 1920 fut créé, grâce à l’apport de diverses sources, le musée dédié au Frère Angelico. Le Premier Cloître (qui porte le nom de Sant’ Antonino) est un parfait exemple d’architecture monastique de la Renaissance, orné de parterres de fleurs et d’un majestueux cèdre du Liban. Il renferme des fresques du 17è siècle, des tableaux d’Angelico le Bienheureux, ainsi que les principales oeuvres sur bois conservées dans l’ancien Ospice dei Pellegrini. On trouve ainsi les très célèbres 'Pala di Annalena', 'Pala di San Marco', l’intense 'Déposition de Sainte Trinité' et le 'Jugement Universel', mais aussi le 'Tabernacle des Liniers' (1433) sculpté par Ghiberti et dont certaines parties furent peintes par Angelico.

Le cloître donne accès à la salle capitulaire. Sous le portique se trouve la cloche, dite la "piagnona" (la pleurnicheuse), attribuée à Donatello, qui battit en vain le rappel de la foule le jour de l’arrestation de Savonarola. Savanarola et ses disciples furent traités de 'Piagnoni' pour avoir appeler au châtiment divin contre la corruption du temps. Au premier étage, on peut voir les cellules des moines et le plafond caractéristique et en face des escaliers, le lieu de l’annonciation d’Angelico ainsi que ses fresques et celles de son école dans le couloir à gauche.

Si l’on se dirige à droite dans le couloir, on entre dans le quartier du Prieur qui fut l’austère logis de Savonarola, composé d’un vestibule et de deux petites cellules. La cellule-studio ne contient aucune relique. La cellule-dortoir présente elle un crucifix de l’école d’Angelico, utilisé durant les prédications de Savonarola. A l’étage inférieur, à droite, s’ouvre le Petit Réfectoire où l’on peut admirer la fresque de la Dernière Cène de Domenico Ghirlandaio (vers 1483).

à l’extérieur, au carrefour entre la piazza San Marco et la via degli Arazzieri, il faut remarquer la néo-maniériste Palazzina di Livia (1775, de Bernardo Fallani), que le grand-duc Pietro Leopoldo di Lorena fit construire pour la ballerine Livia Malfatti. En continuant jusqu’au croisement de la via degli Arazzieri et de la via San Gallo, on arrive au Réfectoire de l’antique monastère de Sant'Apollonia. On découvre alors le musée d’Andrea del Castagno avec sa belle fresque de la Dernière Cène (vers 1450) exposée dans l’antique réfectoire. Là sont également conservés des fragments de fresques réalisées par Domenico Veneziano et Piero della Francesca pour l’église de Sant'Egidio.

Tournant à la sortie du musée San Marco sur la vie Cavour, on aperçoit sur la droite la pierre tombale rappelant l’Antique Académie de San Marco où Michelangelo, en dépit des ambitions mercantiles de son père, commença ses études de sculpture avec l’aide de Laurent Le Magnifique. En face, là où termine l’imposant mur du jardin de la Palazzina di Livia, on note le Casino di San Marco, oeuvre de Buontalenti (1574), siège actuel de la Cour d’Appel. Poursuivant notre route dans la via Cavour, on trouve le Cloître dello Scalzo, ancien siège de la Confraternité de St Jean Baptiste, dit "dello Scalzo" (du déchaussé) du fait des pieds nus du porteur de la croix lors des processions. Ce dernier qui peut être visité en s’adressant au gardien, abrite les seize épisodes d’un cycle particulier de fresques en manochrome clair-obscur réalisé entre 1507 et 1526 par Andrea del Sarto avec la collaboration de Franciabigio. Sur l’autre còté du musée, dans la via Lamarmora, l'Università degli Studi. à l’entrée de la via Ricasoli, la jolie loge du XIVè siècle, ancien siège de l’hòpital de San Matteo et aujourd’hui siège de l’ Académie des Beaux Arts.